Třetí díl se odehrává 3 roky po druhém díle a galaxie už se právě 3 roky topí ve válce. Film začíná ve vesmírné bitvě o Coruscant. V této bitvě sledujeme Anakina a Obi-Wana, jejichž úkolem je zachránit uneseného kancléře. Vniknou do lodi generála Grievouse, kde se má kancléř nalézat. Nakonec se operace podaří i se smrtí Hraběte Dookua rukou Anakina. Grievous uniká a stává se vůdcem Separatistů. Poté na Coruscantu oznamuje Padmé Anakinovi, že s ním čeká dítě. Následně se mistr Yoda vypravuje na planetu Kashyyyk, který má ubránit před armádou droidů s klony a podporuje ho i pomoc místních Wookiů, zatímco se Obi-Wan se svou 212. legií klonů vydává na Utapau, kde nachází Grievouse, jehož nakonec Obi-Wan na dobro porazí. Mezitím je na Coruscantu stále zjevnější motání kancléře kolem Anakina, a jelikož je Grievous mrtev, tak se kancléř Anakinovi odhalí jako dlouho hledaný sithský lord, kterého už má z části zmanipulovaného na temnou stranu. Anakin nejdříve svodům odolává a nečekané zjištění oznámí Winduovi (jeden z nejhlavnějších Jediů). Ten se s dalšími Jedii vydá kancléře zajmout, což se s velkými ztrátami Winduovi nakonec podaří. V tu chvíli se v Anakinovi převrhne temná strana, vnikne do senátu, a když vidí, že má kancléř/Darth Sidious zemřít, pomůže Sithovi a společně Windua zabijí. Anakin se tak stane Darthem Vaderem. Sidious mu slíbí, že zachrání Padmé před smrtí, a že mu poskytne možnosti temné strany. V tu chvíli vydá Sidious Rozkaz 66, který velí klonům postavit se proti svým generálům a zničit všechny Jedie. Koná se velká čistka, kterou přežije jen velmi málo z nich, hlavně však Obi-Wan a Yoda. Mezitím se Darth Vader vydává vyvraždit chrám Jediů a na jeho čepel padnou i mladí padawanové.
