Druhý díl se odehrává 10 let po předešlém. V galaktické republice panují napjaté vztahy, protože všechny planety platí stejné poplatky, avšak ne všechny dostávají stejné výhody. Situace je obzvláště špatná na vnějším okraji galaxie, kde je pro mnohé skupiny nevýhodné v Republice setrvat. Z tohoto důvodu se formuje aliance separatistů, kteří chystají otevřený konflikt s Republikou. Jejich vůdcem je hrabě Dooku, nový sithský učedník, který je považován za mistra. Padmé Amidala, nyní senátorka za Naboo, se vydává na planetu Coruscant, aby podpořila hlasování o vytvoření armády, jež by se postavila armádě separatistů. Při příletu je na ni spáchán nezdařený pokus o atentát, a tak je umístěna pod ochranu Obi-Wana a Anakina, který je nyní Obi-Wanovým padawanem. Další noc je na Amidalu spáchán další atentát, jemuž Jediové zabrání. Ti pronásledují nájemného vraha, ten je ale zabit, než stihne říct, kdo jej najal. Anakin bere Padmé na její domovskou planetu, aby ji chránil, zatímco Obi-Wan pátrá po tom, kdo si objednal smrt senátorky. Jeho pátrání ho zavede až na planetu Kamino, které je proslulé klonováním. Je mu sděleno, že mistr Syfo Dias před několika lety objednal armádu klonů pro Republiku. Vzor pro armádu je nájemný lovec Jango Fett, jenž je přítomen na planetě. Po setkání s Jangem a jeho synem Bobou si Obi-wan uvědomí, že to on si najal smrt Amidaly. Fett uteče, ale Kenobimu se podaří umístit na jeho loď sledovací maják. Sleduje ho na planetu Geonosis, kde se buduje armáda droidů. Mezitím má Anakin vize o smrti své matky. Z obav o její život letí na planetu Tatooine, kde však zjistí, že ji unesli píseční lidé zvaní Tuskeni. Vydá se ji zachránit, ale najde ji pozdě, a matka mu umírá v náruči. Padawan pak ve vzteku vyvraždí celou vesnici, čímž poruší kód Jediů. Na Geonosis je Obi-Wan zajat, ale před tím se mu podaří poslat zprávu Anakinovi, kterou má předat radě Jediů. Anakin a Padmé se vydávají Obi-Wana zachránit, jenže jsou zajati. Pro pobavení místních jsou předvedeni do kolosea, připoutáni ke sloupům a mají být sežráni trojicí dravců z celé galaxie. Na poslední chvíli je zachrání skupina Jediů a započne bitva, při které umírá Jango Fett. Z počátku se útok daří, avšak záchranná skupina je nakonec poražena zdánlivě nekonečnou legií droidů, která je nyní posílena i o novou a značně nebezpečnější variantu zvanou B2. Zbylí Jediové jsou nakonec zachráněni armádou klonů a jsou převezeni na nedaleké bojiště, kde okamžitě zaujmou roli generálů. Během bitvy sleduje Anakin a Obi-Wan Dookua do hangáru, odkud se chystá uletět ve své osobní lodi. Jsou poraženi a Anakin přijde v souboji o ruku. Nakonec je zachrání mistr Yoda, avšak Dooku uniká. Bitva o Geonosis (později první bitva o Geonosis) končí výhrou Republiky, avšak ztráty na obou stranách jsou obrovské. Oficiálně tak začínají Klonové války. Anakin a Padmé se vrací na Naboo a v tajnosti se vezmou.
